Infection urinaire: 5 choses à savoir

Dans un exposé captivant, la Pre Dre méd. Angela Huttner, infectiologue à Genève, a expliqué les bases du traitement des infections urinaires simples. Cet article présente les cinq messages clés de l’intervenante qui sont particulièrement importants.

La Pre Dre méd. Angela Huttner est, entre autres, responsable de la consultation ambulatoire des infections urinaires (IU) aux HUG, préside le comité des directives suisses sur le traitement des IU simples et de la prostatite bactérienne, et est la représentante européenne dans le comité des directives américaines. Lors du congrès de printemps de la SSMIG, le public a donc pu profiter de la grande expérience pratique comme théorique d’une experte de haut niveau. A. Huttner a illustré la théorie par des exemples pratiques tirés de ses consultations.

Exemple de cas n° 1

Madame X., 26 ans, en bonne santé, se plaint des symptômes classiques d’une IU basse: dysurie avec besoin impérieux d’uriner, pollakiurie, brûlures lors de la miction et douleurs sus-pubiennes. Elle a déjà connu quatre épisodes d’IU l’année dernière, qui ont à chaque fois été traités avec succès par des antibiotiques. La bandelette urinaire révèle +++ de leucocytes et + de nitrites. Madame X. a apporté le résultat de la culture du dernier épisode, qui montre une valeur pour E.coli de 10²cfu/l et pour Enterococcus faecium >10⁵cfu/l, ayant résisté à la quasi-totalité des antibiotiques testés. «Ce que l’on voit ici est un cauchemar. Chez nous, l’E.coli est normalement sensible aux antibiotiques à 99%. Le fait qu’E.coli ne soit sensible qu’aux antibiotiques de dernier recours imipénème et carbapénème, comme c’est le cas ici, peut certes arriver, mais c’est extrêmement rare», a commenté A. Huttner. «Comment interpréter ce résultat et comment procéder? Faut-il refaire la culture, parce qu’elle était probablement contaminée? L’E.coli est-il seulement un contaminant? L’E.faecium est-il seulement un contaminant? Ou les deux germes doivent-ils être traités par des antibiotiques?», a-t-elle ajouté.

Les entérocoques présents dans la culture d’urine sont souvent des contaminants

Dans les cultures d’urine, on retrouve le plus souvent E.coli (dans 85% des IU), Klebsiella ssp., Enterococcus faecium, Proteus ssp., Enterobacter ssp., et occasionnellement des streptocoques du groupe B. «Il faut toutefois faire la différence ici: ce sont les germes qui se développent en culture, cela ne signifie pas pour autant qu’ils se retrouvent tous dans la vessie», a souligné la spécialiste. Thomas Hooten – la légende dans le domaine des infections urinaires selon A. Huttner – et son équipe ont publié en 2013 une étude certes à petite échelle, mais qui a changé beaucoup de choses.¹ Pour la culture, les chercheurs ont collecté simultanément deux échantillons d’urine chez 226 femmes préménopausées souffrant d’une IU simple, l’un à partir de l’urine mi-jet et l’autre par sondage vésical à usage unique. Il s’est avéré que la détection d’E.coli dans l’urine à mi-jet, même si la quantité était faible, était prédictive de sa détection dans la vessie. En revanche, d’autres germes présents dans l’urine à mi-jet, comme les entérocoques et les streptocoques du groupe B, n’ont pas été détectés dans la vessie. Ils se sont donc retrouvés dans l’urine à mi-jet par contamination. «Regardez à quoi ressemblent les E.coli et les entérocoques. Les E.coli sont des bactéries de forme allongée et aérodynamique dotées de flagelles, qui sont très mobiles et peuvent se retrouver sans problème dans la vessie. Les entérocoques, à l’inverse, sont des bactéries de forme sphérique qui ne sont pas faites pour remonter dans la vessie par l’urètre», a expliqué A. Huttner de manière très claire (Fig. 1). Les entérocoques se développent toutefois très bien en culture et peuvent y surpasser les E.coli. Dans un organisme vivant, on observe exactement le phénomène inverse. Il ne faut pas oublier une exception: en présence d’un corps étranger, les entérocoques peuvent provoquer une IU.

© Dr_Microbe – stock.adobe.com

Fig. 1: Les E. coli (A) et les entérocoques (B) présentent une morphologie très différente: les premières peuvent remonter sans problème dans la vessie grâce à leur forme aérodynamique et leurs flagelles, alors que les secondes ne sont pas faites pour cela

Une étude belge a montré qu’E.coli est le germe responsable dans la plupart des cas d’IU simple chez les femmes préménopausées, même lorsque la culture est négative.² Une culture d’urine et une PCR pour E.coli ont été effectuées simultanément chez 220 femmes présentant des symptômes typiques d’IU et 86 femmes asymptomatiques. Chez les femmes symptomatiques, la culture était positive pour un quelconque uropathogène dans 80,9% des cas et la PCR pour E.coli dans 95,9%. Chez les femmes asymptomatiques, la culture était positive dans 10,5% des cas et la PCR dans 11,6%.²

Les cystites ne doivent pas toutes être traitées par des antibiotiques

Revenons à Madame X.: que doit-on lui conseiller? «Je lui ai expliqué que les entérocoques étaient inoffensifs dans son cas et qu’il ne fallait pas y prêter attention, et que les cystites aiguës ne devaient pas toutes être traitées par des antibiotiques», déclare A.Huttner. Madame X. est l’exemple type de la patiente qui se prête à la stratégie «pill in the pocket». Dans le cadre de celle-ci, une ordonnance pour un antibiotique (AB) est remise à la patiente afin qu’elle puisse commencer elle-même le traitement par AB si les symptômes ne diminuent pas nettement en quelques jours, voire s’ils augmentent. En effet, un traitement symptomatique est souvent suffisant. C’est ce qu’attestent notamment les résultats d’une étude allemande randomisée, contrôlée par placebo, dans laquelle la fosfomycine (dose unique à 3g) a été comparée à l’ibuprofène (3x 400mg/j pendant 3 jours) chez 494 femmes souffrant d’une IU symptomatique simple.³ Dans les deux groupes, un AB pouvait être prescrit ultérieurement en cas de persistance, d’aggravation ou de récidive. Les symptômes ont certes diminué un peu plus rapidement dans le groupe sous fosfomycine, mais l’IU a complètement guéri sans AB et aucune récidive n’est survenue au jour 28 chez 67% des femmes sous ibuprofène (vs 86% dans le groupe sous fosfomycine).³ Une pyélonéphrite est survenue chez 5 femmes du groupe sous ibuprofène et chez 1 femme du groupe sous fosfomycine (p=0,12); dans tous les cas, elle a pu être traitée en ambulatoire et a complètement guéri. La pyélonéphrite est apparue après 16 jours chez une femme et dans les 7 premiers jours chez toutes les autres.³ «Pour les femmes en bonne santé, immunocompétentes et sans antécédents de pyélonéphrite, la stratégie ‹pill in the pocket› constitue une bonne option. Cependant, il faut toujours décider au cas par cas», explique A. Huttner. Le traitement par AB retardé est également recommandé comme traitement de première ligne dans les directives de la Société Suisse d’Infectiologie.⁴

Il ne convient pas aux patient·es ayant des antécédents de pyélonéphrite, aux patient·es immunodéprimé·es, y compris ceux·elles dont le diabète est mal contrôlé, en cas de symptômes persistant 5 jours ou plus, et aux femmes ménopausées. «Dans l’une de nos études, l’âge de 52 ans et plus s’est avéré être un facteur de risque pour l’absence de rémission spontanée chez toutes les femmes.⁵ Au quotidien, j’observe toutefois que l’immunosénescence au niveau des muqueuses commence vraiment à partir de 75 ans», a déclaré A. Huttner.

Puis, l’infectiologue a encore donné un conseil éprouvé, mais largement décrié: «Conseillez aussi aux femmes de boire beaucoup d’eau, au moins 2,5 litres par jour! Parfois, je l’écris même sur leur ordonnance». Il n’existe aucune preuve appuyant ce conseil, mais sa pratique de longue date lui a permis d’observer qu’il suffisait de boire beaucoup d’eau pendant quelques jours, surtout chez les femmes présentant des symptômes légers. Hooten et al. ont mis en évidence il y a quelques années que le nombre d’épisodes de cystite pouvait être réduit de manière significative en buvant 1,5 l d’eau supplémentaire par jour (nombre d’épisodes par an: 1,7 par rapport à 3,2; p<0,001). En outre, le nombre de traitements par AB nécessaires a été pratiquement divisé par deux en 12 mois dans le groupe buvant plus d’eau par rapport au groupe témoin (1,9 vs 3,6; p<0,001).⁶

La nitrofurantoïne n’est en aucun cas inférieure

Si un traitement par AB est nécessaire, les directives suisses recommandent en premier lieu la nitrofurantoïne ou le cotrimoxazole, la fosfomycine n’étant recommandée qu’en deuxième ligne.⁴ Bien que l’E.coli résiste au cotrimoxazole dans 30% des cas en milieu hospitalier, les directives l’ont encore maintenu comme traitement de première ligne, car le développement de résistances est encore nettement plus faible dans la population générale. La nitrofurantoïne n’est presque jamais supérieure aux autres AB, mais elle n’est généralement pas non plus inférieure. Elle présente toutefois quelques avantages de poids: l’E.coli ne développe que très rarement une résistance à la nitrofurantoïne (données ANRESIS de 2019: <1%), elle ne provoque pratiquement pas de dommages collatéraux dans le microbiote intestinal et les effets secondaires sévères tels que la fibrose pulmonaire ou hépatique sont très rares (0,02–1,5/1000 patient·es sous nitrofurantoïne).^7,8 En outre, le risque d’effets secondaires sévères concerne principalement les traitements à long terme par la nitrofurantoïne et la fibrose est réversible si elle est détectée rapidement.

La ciprofloxacine et le cotrimoxazole sont certes très efficaces et très rapides, mais l’E.coli et d’autres uropathogènes développent très rapidement des résistances et les conséquences au niveau du microbiote intestinal sont dévastatrices. Ces AB entraînent une diminution de la diversité du microbiote et une forte augmentation de l’ensemble des gènes de résistance aux AB (=résistome), cette dernière s’appliquant surtout au cotrimoxazole.⁹ «Réservez donc la ciprofloxacine et le cotrimoxazole pour les infections urinaires hautes», a averti A. Huttner.

Les directives suisses actuelles ne recommandent plus la fosfomycine qu’en traitement de deuxième ligne, car la dose unique s’est avérée inférieure à la nitrofurantoïne en termes de résolution clinique et microbiologique pour les IU simples.¹⁰ «Je sais que certains administrent une deuxième dose de fosfomycine après 48 heures, c’est ce que je fais aussi. Je ne suis donc en aucun cas contre la fosfomycine. La dose unique est toutefois nettement inférieure à la nitrofurantoïne», explique l’infectiologue.

Exemple de cas n° 2

Madame Y., 53 ans, vient à la consultation, car elle a connu trois épisodes d’IU au cours des quatre derniers mois. Ils ont à chaque fois été traités par AB, mais le succès thérapeutique n’a pas duré longtemps. Elle souffre d’IU tous les deux ans environ depuis ces 20 ans, mais il s’agissait d’épisodes isolés à l’époque. Elle présente une hypertension artérielle connue et une polyarthrite rhumatoïde. Comme médicaments, elle ne mentionne que le périndopril. Elle pense que le stress pourrait être à l’origine de ses fréquentes IU. Comment procéder? Faut-il prescrire de la nitrofurantoïne pour l’infection actuelle, puis une prophylaxie par la nitrofurantoïne, ce qui serait justifié dans un tel cas? Faut-il l’orienter vers un psychologue, car le stress peut affaiblir le système immunitaire? Ou faut-il réaliser un examen urologique? A. Huttner décide de se renseigner une nouvelle fois sur les antécédents médicamenteux. En effet, Madame Y. indique alors qu’elle suit un traitement biologique depuis 4 mois en raison de la polyarthrite rhumatoïde. Elle ne l’a pas précisé à la question initiale sur les médicaments qu’elle prenait, car le médicament biologique est administré par voie parentérale.

Les IU peuvent être un effet secondaire

Si un effet secondaire est soupçonné d’être à l’origine d’IU fréquentes, il vaut la peine d’examiner une nouvelle fois l’anamnèse médicamenteuse. «Je vois de plus en plus de patient·es qui suivent un traitement par un anticorps monoclonal venir à ma consultation pour les IU. Le cas échéant, il faut toujours peser le pour et le contre, et consulter le médecin traitant. Chez les patient·es atteint·es de cancer, les IU sont probablement un moindre mal. Dans d’autres cas, comme celui de Madame Y., le médicament biologique peut toutefois éventuellement être arrêté ou remplacé par un autre», explique-t-elle.

Si l’anamnèse médicamenteuse n’est pas concluante, il convient de réaliser un examen urologique, car les calculs rénaux, l’incontinence et la rétention urinaires sont d’autres causes possibles d’IU fréquentes.

Exemple de cas n° 3

Monsieur Z. est âgé de 50 ans et en bonne santé. Depuis 8 mois, il souffre d’une dysurie intermittente accompagnée de douleurs pelviennes. Le médecin de premier recours a fait plusieurs fois des cultures d’urine (urine à mi-jet), qui se sont révélées positives à chaque fois pour S. aureus, Enterococcus faecalis et E.coli. Plusieurs traitements par AB courts ont été administrés, qui ne se sont pas toujours avérés efficaces. Une TDM pelvienne n’a rien révélé. Que faut-il faire? Faut-il traiter tous les germes pendant une période prolongée? Faut-il traiter uniquement l’E.coli sur une période prolongée? Faut-il l’orienter vers un urologue? Faut-il réaliser une IRM? Ou faut-il effectuer un test microbiologique plus sensible? A.Huttner a choisi la dernière option.

La prostatite aiguë et la prostatite chronique sont deux entités complètement différentes

Il s’agit d’une infection bactérienne aiguë dans <1% des prostatites, d’une prostatite bactérienne chronique dans 5 à 10% des cas, d’un syndrome douloureux pelvien chronique dans 80 à 90% des cas, et d’une prostatite inflammatoire asymptomatique dans 10% des cas.¹¹ La prostatite aiguë est une maladie aiguë sévère associée à une forte réaction inflammatoire systémique ainsi qu’à des symptômes locaux et systémiques. Le diagnostic doit être confirmé microbiologiquement comme cliniquement et un traitement AB est nécessaire pendant 2 à 3 semaines.¹¹ Dans le cas de la prostatite bactérienne chronique, seuls des symptômes locaux sont présents, la maladie est plutôt légère et intermittente, et il n’y a aucune inflammation systémique. Le diagnostic doit être confirmé microbiologiquement et un traitement AB doit durer ≥4 à 6 semaines. «Comme vous pouvez le voir, la prostatite aiguë et la prostatite chronique sont deux entités complètement différentes», a déclaré A. Huttner.

Pour confirmer une prostatite aiguë, une culture d’urine à mi-jet et un toucher rectal sans massage prostatique suffisent. En cas de prostatite chronique, un massage prostatique est nécessaire pour obtenir une confirmation microbiologique. Il est généralement recommandé d’effectuer un «test des 4 verres» (ou test de Meares/Stamey).¹² Ce dernier est toutefois très complexe et difficile à réaliser, de sorte qu’il n’est que très rarement effectué, même par les urologues.¹³ Nickel et al. ont donc mis au point un simple «test des 2 verres»; ils ont montré en 2006 que ce test n’était pas moins probant que le «test des 4 verres» et qu’il constituait donc une bonne alternative.¹⁴

Dans le cas du «test des 2 verres», on prélève d’abord un échantillon d’urine à mi-jet, puis on masse vigoureusement la prostate pendant 1 minute et on prélève ensuite directement un échantillon d’urine de premier jet. «Il est important que le deuxième échantillon soit prélevé immédiatement après le massage et à partir de l’urine de premier jet. C’est la seule façon de s’assurer que l’échantillon contient bien les sécrétions prostatiques», a souligné l’intervenante. Le diagnostic d’une prostatite bactérienne chronique peut être posé si l’on détecte plus de leucocytes dans l’échantillon avec sécrétions prostatiques (2^e verre) que dans l’urine à mi-jet et si plus de germes se développent dans la culture du 2^e verre que dans celle du 1^er verre.

Chez Monsieur Z., l’urine à mi- jet a révélé 4 leucocytes/µl et E. coli 10²cfu/l, et l’urine de premier jet après massage prostatique 42 leucocytes/µl et une valeur pour E. coli de 10³cfu/l. Le diagnostic de prostatite bactérienne chronique a donc pu être posé et un traitement par un AB compatible avec la prostatite (ciprofloxacine ou cotrimoxazole) a pu être instauré pour une durée de 4 à 6 semaines.